Im Jahre 1907 erwarb der Rosenheimer Schneidermeister Johann Klepper die Lizenz von Alfred Heurich, dem Urheber der modernen Faltbootidee, für die Alleinfabrikation des Bootstypen Delphin.
Mit der Gründung der Klepper Faltbootwerft GmbH 1919 begann eine Welle des Erfolges. Als Hans Klepper das Unternehmen 1929 von seinem Vater übernahm, hatten Klepper-Faltboote die Marktführung übernommen.
Kapitän Franz Romer schrieb Geschichte, als er in einer 6,4 m langen und 1m breiten Spezialkonstruktion von Klepper den Atlantik überquerte. Dies war die erste bekannte Überquerung eines Ozeans in einem Kajak. Für die Strecke von Lissabon über die Kanarischen Inseln nach Saint Thomas, US Virgin Islands, benötigte Romer 58 Tage.
Übernahm Hans Klepper (1903-1967) die Firma, baute die Produktpalette aus und exportierte die Klepper-Faltboote weltweit. Ein Beispiel für eine Tochtergesellschaft, die in der Geschichte von Klepper auftaucht, war die Hans Klepper Corporation in New York, USA.
Bei den Olympischen Spielen 1936 in Berlin gab es 2 Faltboot-Disziplinen, in denen Klepper-Kajaks alle sechs Medaillen gewannen.
Mitte der 1950er Jahre kam der Klepper Aerius auf den Markt. Der Aerius führte Kleppers Snap-On-Verbindungssystem und Luftschläuche als neue Merkmale ein. Innerhalb kürzester Zeit wurde der Aerius zum meistverkauften Klepper-Boot im Programm und wird auch heute noch in verbesserter Form gebaut.
Dr. Hannes Lindermann überquerte mit einem serienmäßigen Aerius II 520 erfolgreich den Atlantik. Lindemanns epische Reise dauerte 72 Tage und bleibt die Ozeanüberquerung mit dem kleinsten Boot, die jemals von Menschen unternommen wurde.
Der Name "KLEPPER" ist unter Klepper bis heute ein eingetragenes Warenzeichen für die USA geworden.
Vor dem Aufkommen von Glasfaser- und "Poly"-Kajaks war der Klepper das Kajak der Wahl für Wildwasser- und Flachwasserwettbewerbe. Bis 1961 wurden noch alle Weltmeistertitel im Wildwasser-Slalom im Klepper „Slalom 59“ gewonnen.
Hermann Siegesmund Walther gründete 1981 nach einer Übergangszeit die Klepper Faltbootwerft H.S. Walther GmbH und baute in den Werkhallen von Klepper den Aerius 450 und 520 sowie den T9 in Lizenz. Außerdem wurde ein verkürzter Aerius-Einer unter dem Namen Aerius 2000 entwickelt, der 1999 in Tramp 380 umbenannt wurde.
In den 1990er Jahren warb die Hans Klepper Corporation aktiv für das Klepper-Kajak auf dem US-Markt, was sich zu einer großen Erfolgsgeschichte entwickelte. Klepper hat eine große Anzahl von Kunden wegen seiner hervorragenden Qualität und ausgezeichneten Leistung gewonnen..
Das Klepper-Faltbootmuseum wurde eröffnet. Verschiedene Exponate der Klepper-Boote, -Mäntel und -Zelte wurden ausgestellt.
Klepper verkaufte seine hochwertige Outdoor-Bekleidungssparte an die Firma Walbusch, um sich auf die Herstellung von Faltkajaks zu konzentrieren.
Der Aerius 490 Langeiner wurde zum ersten Mal angeboten und verdrängte schnell den Standardeiner mit 450 cm (genauso wie drei Jahre später der verlängerte Zweisitzer 545 den Standardzweier 520 vom Markt verdrängte).
Am 1. August 2020 wurde die Klepper Faltbootwerft AG von der Klepper Lifestyle GmbH, die ihren Sitz in Hamburg hat, übernommen. Der Produktionsstandort Rosenheim bleibt bestehen.